Peter Pan (Robin Williams) is inmiddels volwassen en gaat door het leven als Peter Banning. Hij is adovcaat met een drukbezette agenda en een klein beetje overgewicht. Peter is al lang vergeten dat hij ooit Peter Pan was, de jongen die kon vliegen en nooit zou opgroeien.

Wanneer hij voor een galadiner naar Londen moet, worden zijn kinderen gekidnapt door de beruchte Captain Hook (Dustin Hoffman). Om zijn kinderen te redden moet Peter Pan, met behulp van de Lost Boys (die hem weer leren hoe hij moet leven en vliegen), terugkeren naar Neverland. Peter Pan wordt bijgestaan door Tinkerbell (Julia Roberts), de kleine fee die haar hart aan Peter Pan heeft verpand. Bob Hoskins is Smee, Hook's rechterhand in de piraterij en plunder