'The Fountain' gaat over de hartstochtelijke strijd van een man die zijn geliefde wil redden. Wetenschapper Tommy Creo (Hugh Jackman) is wanhopig op zoek naar een geneesmiddel tegen de ziekte waar zijn geliefde vrouw Isabel (Rachel Weisz) aan lijdt. Hij kan zich niet verzoenen met het feit dat hij haar voorgoed kwijt zou kunnen raken. Tommy wordt zo meegesleept door zijn eigen zoektocht dat hij vergeet haar lief te hebben, nu het nog kan, terwijl Isabel hem er op haar manier van probeert te overtuigen dat ze elkaar ooit weer terug zullen zien.