Duizend jaar nadat catastrofale gebeurtenissen de mens gedwongen hebben om de Aarde te verlaten is Nova Prime de nieuwe thuishaven van de mensheid geworden. De legendarische generaal Cypher Raige keert terug naar huis na een lang dienst. Hij is vervreemd geraakt van zijn gezin, maar is klaar om zijn vaderrol voor zijn dertienjarige zoon Kitai op zich te nemen. Wanneer een asteroidestorm het vaartuig van Cypher en Kitai beschadigt, maken ze een noodlanding op de voor hen onbekende en gevaarlijke Aarde.