Cyriel Verschaeve werd geboren in een vroom katholiek gezin in West-Vlaanderen. Zijn vader, François Verschaeve, was blauwverver. Dit hield in dat hij een kleine nijverheidsonderneming had waar linnen uit de streek gebleekt en geverfd werd. Zijn moeder Melanie Delforche werd gekenmerkt als een zorgzame edelmoedige vrouw. Cyriels broer werd procureur des Konings in Kortrijk.
Als kind en adolescent leed Cyriel aan een aangeboren zwaarmoedigheid. Op de lagere school in Ardooie was hij een in zichzelf gekeerd weetgierig kind. Hij had een drang om veel te lezen, vooral de heldenromans van Hendrik Conscience. Boetseren leerde hij bij Henri Boncquet. Dit deed hij zijn hele verdere leven, vooral afbeeldingen van Christus, Moeder Maria en Griekse mythologische figuren.
Van 1886 tot 1892 volgde hij in het Frans de lessen aan het Klein Seminarie van Roeselare. Daar bleef de herinnering aan Guido Gezelle, Hugo Verriest en Albrecht Rodenbach levendig. Hij kwam in contact met de Vlaamse studentenbeweging en dweepte met Albrecht Rodenbach en de blauwvoeterij. Zijn biograaf Dirk Vansina karakteriseerde Verschaeve als volgt: "Hij zou blijven wat hij reeds als jongeling scheen, uiterlijk koud en gaarne een beetje ironisch, een vuurberg tot aan de krater met sneeuw bedekt."
In 1892 werd hij student wijsbegeerte in Roeselare. Van 1893 tot 1896 studeerde hij theologie aan het grootseminarie in Brugge. Op 12 juni 1897 werd hij tot priester gewijd. De leerinhoud op het seminarie boeide hem slechts matig. In de lectuur van Augustinus, Blaise Pascal en de middeleeuwse mystici ging hij eerder op. Via dorpsvrienden kwam hij tot de grote Duitse romantici en tot het Vlaams-nationalisme.