Fox Mulder wordt al een jaar vermist. Nu komen Skinner en Scully erachter dat hij wordt beschuldigd van een moord op een militair genaamd Knowle Rohrer, een lid van een top-geheime groep super-soldaten. Skinner neemt de verdediging van Mulder op zich, terwijl veel mensen uit zijn verleden het voor hem opnemen in de rechtbank. Maar deze militaire rechtbank is niet geinteresseerd in de waarheid.

Als er echter een onverwachte bondgenoot opduikt, weigert Mulder over de grens naar het veilige noorden te vluchten. In plaats daarvan gaat hij naar het zuiden richting de ruines van New Mexico. Daar hoopt hij een mysterieuze man te vinden, die de indianen “The Keeper Of The Truth” noemen. Deze man blijkt geen onbekende te zijn...