Shrek woont in zijn eentje in een verlaten moeras, maar is daar geheel tevreden mee. Hij is immers een boeman en contact zoeken met mensen zou alleen maar leiden tot vervelende confrontaties met fakkels en hooivorken. Plotseling wordt Shreks rustige moeras overspoeld door een trucklading sprookjesfiguren. Van Assepoester tot de drie kleine varkentjes en van Pinocchio tot Sneeuwwitje, alle bekende karakters uit de boeken van Hans Christian Andersen, de gebroeders Grimm en dergelijken, hebben zich in de nabijheid van Shreks huis verzameld. Er is echter nog een belangrijke reden voor de vreemde sprookjesinvasie. Het blijkt dat de verticaal aanzienlijk minder bedeelde lord Farquaad (John Lithgow) de figuren heeft verbannen uit zijn koninkrijk. Ze vormen namelijk een serieus obstakel voor zijn droom: heerser worden van Duloc. Maar dan moet hij nog wel even een vrouw vinden. Een magisch spiegeltje-aan-de-wand geeft hem drie opties: Assepoester, Sneeuwwitje en prinses Fiona. De laatste lijkt Farquaad wel een geschikte bruid, maar er is een klein probleem; voor hij haar kan huwen, moet hij eerst een torenhoge draak verslaan. Shrek ontmoet intussen Donkey (inderdaad, een ezel) - die van stem is voorzien door komiek Eddie murphy. Het duo vertrekt naar het paleis van Farquaad zodat Shrek verhaal kan halen bij de kleine heerser. Wie ooit één van de disney-parken heeft bezocht, zal zich een ongeluk lachen om de main street en it's a small world-grappen die in dit deel van de film voorbij razen. Farquaad belooft Shrek dat hij zijn moeras weer terugkrijgt als hij prinses Fiona naar hem weet te brengen. Samen met Donkey gaat Shrek op pad om Fiona van de draak te redden. Met enig ren- en vliegwerk lukt dit nog ook, maar op de terugweg weet Shrek ineens niet meer of hij Fiona wel aan Farquaad uit wil leveren. Zelf krijgt hij ook gevoelens voor de schone, maar ja, hij is een boeman en hoe kan iemand nou ooit houden van zo'n groene griezel?

Het verhaal gaat verder waar de eerste film ophield. Shrek en zijn bruid Fiona gaan naar het koninkrijk far, far away om Fiona's ouders het goede nieuws over het huwelijk te vertellen. Vooral koning Harold is echter niet zo blij met de keuze van zijn dochter, en trouwens ook niet hoe ze er nu uitziet. Dus wordt de hulp van de gevreesde oger-doder ingeroepen: de gelaarsde kat.

Maak je borst maar nat voor het derde deel van shrek- het mooiste sprookje dat nooit eerder is verteld, gaat verder in deze splinternieuwe, hilarische komedie van koninklijke proporties. Als zijn schoonvader plotseling ziek wordt, begint Shrek samen met ezel en gelaarsde kat aan een nieuw wervelend avontuur om de rechtmatige troonopvolger te vinden. Iedereen is weer van de partij, samen met Merlijn die op magische gebied de weg kwijt is, de onhandige Arthur, een bende geëmancipeerde prinsessen en enkele onverwachte nieuwkomers. Alleen in de wereld van Shrek leeft iedereen nog lang en vrolijk!