De belangrijkste thema's in de Winnetou verhalen zijn vriendschap, eer en respect tussen verschillende culturen. Er zijn ook rijke elementen van avontuur en de strijd voor rechtvaardigheid, waarbij vaak de nadruk ligt op de spanning tussen de inheemse bevolking en de kolonisten. Dit zorgt ervoor dat de verhalen niet alleen spannend zijn, maar ook sociale en morele kwesties aansteken.
Winnetou is heel anders dan veel andere hoofdpersonen in avonturenboeken, omdat hij een complex karakter is met diepgaande morele waarden. Hij wordt vaak afgebeeld als een wijze en eerlijke leider die zijn volk beschermt en streeft naar vrede, in tegenstelling tot helden die puur om avontuur of actie geven. Zijn diepgang als personage maakt hem herkenbaar en bewonderd.
De natuur speelt een cruciale rol in de verhalen over Winnetou. Het wordt vaak gezien als het thuis van de inheemse volkeren en symboliseert hun verbinding met de aarde. De prachtige beschrijvingen van landschappen en dieren versterken niet alleen de sfeer van de verhalen, maar brengen ook een diepere boodschap van het belang van het behoud van de natuur en de spirituele relaties die mensen met hun omgeving hebben.
Enkele van de belangrijkste bijpersonages in de Winnetou series zijn Old Shatterhand, zijn beste vriend en een soort alter ego van de schrijver, en de andere leden van de Apache-stam zoals Nitsch, die vaak een steun voor Winnetou zijn. De interacties tussen deze karakters zorgen voor belangrijke hoogte- en dieptepunten in de verhalen, waardoor ze nog meeslepender worden.
Winnetou heeft de Europese perceptie van de inheemse bevolking aanzienlijk beïnvloed door een beeld te scheppen van loyale, nobele en respectvolle inboorlingen. Dit heeft zowel positieve als negatieve gevolgen gehad: het leidde tot bewondering voor de inheemse cultuur, maar ook tot stereotypen en romantisering die op verschillende manieren op de realiteit waren gebaseerd. Karl May's verhalen hebben het beeld van Native Americans in de populaire cultuur voor lange tijd vormgegeven.