De belangrijkste thema's in Tom Sawyer zijn onschuld, opgroeien en de strijd tussen vrijheid en verantwoordelijkheid. Het verhaal laat zien hoe Tom als kind de wereld om zich heen verkent en leert, terwijl hij zijn eigen moraal en grenzen ontdekt. Vriendschap en avontuur spelen ook een grote rol, met veel momenten van lol en plezier, maar ook met de gevolgen van zijn daden.
De relatie tussen Tom Sawyer en zijn tante Polly is een mix van liefde, frustratie en opvoeding. Tante Polly probeert Tom te corrigeren en hem normen en waarden bij te brengen, maar haar pogingen om hem te disciplinerend zijn vaak tevergeefs. Tom's ondeugendheid leidt regelmatig tot conflict, maar er is ook veel genegenheid aan de oppervlakte. Uiteindelijk wil ze het beste voor hem, ondanks zijn streken.
Huckleberry Finn is bijzonder om zijn vrijgevochten, ongebruikelijke karakter. Hij is de perfecte tegenhanger van Tom; terwijl Tom vaak dromen heeft van avontuur, is Huck al echte avonturen gewend, vooral het leven aan de andere kant van de maatschappij. Huck is onafhankelijk en denkt buiten de gebaande paden. Zijn vriendelijkheid en loyaliteit maken hem tot een unieke en onvergetelijke vriend van Tom.
Het verhaal van Tom Sawyer speelt zich af in de 19e eeuw, voornamelijk in de fictieve stad St. Petersburg, gelegen aan de Mississippi-rivier. Deze setting is belangrijk omdat het de sociale en culturele aspecten van die tijd weerspiegelt. Zaken zoals rassenscheiding en sociale hiërarchieën worden subtiel aangekaart, wat het verhaal een diepte geeft die verder gaat dan alleen een spannend avontuur voor kinderen.
Tom Sawyer beleeft verschillende avonturen, waaronder het verkennen van een grot, het faken van zijn eigen dood met Huck en Joe Harper, en het getuigen tegen de schurk Injun Joe. Elk avontuur leert hem iets over vriendschap, verantwoordelijkheid en de gevolgen van zijn acties. Zijn fantasie leidt hem vaak naar situaties vol gevaar en spanning, maar ook naar waardevolle levenslessen.