Het centrale thema van de Kronieken van de Onderwereld draait om de strijd tussen het goede en het kwade, met elementen van zelfontdekking, vriendschap en liefde. Het verhaal is doordrenkt met het idee dat hoewel de wereld vol gevaarlijke wezens is, de invloed van menselijke relaties en keuzes een grote rol speelt in het bepalen van wie je echt bent.
De belangrijkste personages zijn Clary Fray, Jace Wayland, Isabelle Lightwood, Alec Lightwood en Simon Lewis. Clary is de protagonist die ontdekt dat ze een schaduwjager is, terwijl Jace een van de meest bekwame schaduwjagers is en haar gids wordt. Isabelle en Alec zijn haar familie en vrienden die allemaal met hun eigen uitdagingen en problemen worstelen, wat de dynamiek van hun onderlinge relaties complex maakt.
Belangrijke locaties in de boeken zijn de Schattenjagers Academie, het Instituut van New York, en de wereld van de onderwereld die naast de menselijke wereld bestaat. Elk van deze plekken heeft zijn eigen unieke kenmerken, van de magische archieven tot de wildernis waar demonen zich verbergen, en vormt een cruciaal onderdeel van het verhaal.
De serie onderscheidt zich door zijn mix van moderne setting met traditionele fantasy-elementen, zoals demonen, schaduwjagers en magie. In vergelijking met andere fantasy boeken, biedt het een meer hedendaagse benadering van het genre en behandelt het thema's van tienertijd en persoonlijke groei, wat het relevanter maakt voor een jonger publiek.
De belangrijkste conflicten in de Kronieken van de Onderwereld draaien vaak om de strijd tegen demonen en andere kwaadaardige wezens, evenals de interne conflicten tussen de personages, zoals thema's van loyaliteit, liefde en opoffering. Elke strijd brengt de personages niet alleen fysiek in gevaar, maar dwingt hen ook om na te denken over hun keuzes en identiteit.