J. Bernlef behandelt vaak thema's als geheugen, verlies en de menselijke conditie. Zijn werk verkent de fragiliteit van het bestaan en hoe mensen omgaan met het verstrijken van de tijd. Door zijn unieke benadering van deze thema's weet hij de lezer diep te raken.
De omgeving waarin Bernlef opgroeide, vooral de Friese natuur, heeft een belangrijke invloed gehad op zijn werk. Deze rustige en soms desolate omgeving vindt vaak zijn weg in zijn beschrijvingen, en het landschap wordt een symbool voor de innige, maar soms ook pijnlijke emoties van zijn personages.
Bernlef benut verschillende literaire vormen, zoals poëzie, verhalen en proza. Zijn poëtische stijl komt sterk naar voren in zijn korte verhalen, waar hij met zorgvuldige taal gebruik en beeldspraak de gevoelens van zijn personages vangt, terwijl hij ook experimenteert met structuur en vertelwijze.
'Hersenschimmen' wordt vaak beschouwd als een belangrijk werk in de Nederlandse literatuur omdat het de thema's van dementie en identiteit toegankelijk maakt. Het boek geeft een indringend kijkje in de geest van iemand die deze ziekte ervaart, en brengt zo een onderbelicht onderwerp onder de aandacht van de maatschappij.
Bernlef laat zijn personages de werkelijkheid ervaren door hun zintuiglijke waarnemingen en innerlijke monologen te laten zien. Hij schetst niet alleen hun externe omgeving, maar verkent ook hun gedachten en gevoelens, waardoor de lezer een intiem inzicht krijgt in hun belevingswereld.