Het centrale thema van Het Gouden Kompas draait om de zoektocht naar waarheid en vrijheid. Het verhaal behandelt de ontwikkeling van het individu en de strijd tegen autoritaire structuren. Lyra, de hoofdpersoon, staat voor morele keuzes en moet haar eigen weg vinden in een complexe wereld vol geheimen.
Parallele werelden spelen een cruciale rol in het verhaal, omdat ze de grenzen van de realiteit verkennen. Het idee dat er verschillende dimensies zijn waarin het leven zich op unieke manieren ontvouwt, biedt niet alleen een spannend avontuur, maar laat ook zien hoe de keuzes van de personages invloed kunnen hebben op meerdere werelden.
De belangrijkste personages zijn Lyra Belacqua, haar dæmon Pantalaimon, en diverse andere figuren zoals Lord Asriel en Mrs. Coulter. Lyra wordt gedreven door nieuwsgierigheid en de wens om haar vrienden te redden, terwijl andere personages complexe motieven hebben, variërend van machtshonger tot de zoektochten naar persoonlijke verantwoordelijkheid.
De alethiometer, of het gouden kompas, is een essentieel hulpmiddel voor Lyra. Het stelt haar in staat om de diepere waarheid van situaties te achterhalen en moeilijke keuzes te maken. Door het leren gebruiken van de alethiometer, groeit ze niet alleen als persoon, maar leert ze ook om op haar eigen oordeel te vertrouwen.
Enkele belangrijke morele lessen zijn het belang van oprechtheid, het vermogen om voor anderen op te komen, en de verantwoordelijkheid die komt kijken bij het maken van keuzes. Het verhaal moedigt aan om kritisch na te denken over autoriteit en om trouw te blijven aan je principes, zelfs wanneer dat moeilijk is.