De belangrijkste thema's in De X-Files zijn vooral samenzwering, het bovennatuurlijke en de zoektocht naar de waarheid. Veel afleveringen behandelen het idee dat er geheimen zijn die door de overheid of andere instellingen worden verborgen. Daarnaast is er een constante spanning tussen wetenschap en geloof, wat leidt tot diepere vragen over wat we wel en niet kunnen begrijpen.
De hoofdpersonages in De X-Files zijn FBI-agenten Fox Mulder en Dana Scully. Mulder is de overtuigde gelovige die de waarheid achter bovennatuurlijke verschijnselen wil onthullen, terwijl Scully een sceptische wetenschapper is die met logica en bewijsbenadering naar de zaken kijkt. Deze dynamiek tussen de twee zorgt voor interessante gesprekken en conflicten gedurende de serie.
De X-Files heeft een enorme impact gehad op de popcultuur, vooral in het genre van sciencefiction en horror. De show heeft een hele nieuwe generatie schrijvers en filmmakers geïnspireerd en heeft tal van parodieën, referenties en hommages in andere media gekregen. Het idee van het zoeken naar buitenaardse wezens en samenzweringen is daarna in veel andere shows en films teruggekomen.
Enkele van de meest memorabele afleveringen zijn "Pilot", waarin Mulder en Scully voor het eerst samenwerken, en "Clyde Bruckman's Final Repose", die een diepgaand verhaal vertelt over een man die de toekomst van mensen kan voorspellen. Ook afleveringen als "The Erlenmeyer Flask", die de voortgang van het overkoepelende verhaal van de serie behandelt, zijn fanfavorieten geworden.
De X-Files blijft populair bij fans vanwege de combinatie van spanning, mysterie en de ontwikkeling van de personages. De serie behandelt tijdloze thema's die vandaag de dag nog steeds relevant zijn, en de chemie tussen Mulder en Scully zorgt voor een sterke emotionele verbinding met het publiek. Bovendien maakt de mix van angstaanjagende verhalen met sociale commentaar het aantrekkelijk voor nieuwe generaties kijkers.