Het basisverhaal van de Kronieken van de Onderwereld draait om Clary Fray, een gewoon meisje dat plotseling in een wereld vol demonenslachteraars, engelen en magische wezens terechtkomt. Na de verdwijning van haar moeder komt ze erachter dat ze een afstammeling is van schaduwjagers en wordt ze betrokken bij een epische strijd tegen demonengevaar.
De belangrijkste personages zijn Clary Fray, Jace Wayland, Isabelle Lightwood en Alec Lightwood. Clary is de hoofdpersoon die haar weg zoekt in deze nieuwe wereld. Jace is een sterke en mysterieuze schaduwjager, terwijl Isabelle en Alec ook schaduwjagers zijn die Clary helpen in haar reis. Deze personages hebben allemaal unieke achtergronden en dynamieken die het verhaal verrijken.
De setting in de onderwereld is cruciaal omdat het een uitgestrekte, verborgen dimensie is waar verschillende magische wezens en schaduwjagers leven. Deze wereld is vol gevaar, maar ook vol wonderen, en vormt het toneel voor belangrijke conflicten en onthullingen. Het benadrukt de strijd tussen goed en kwaad dat door de hele serie heen loopt.
De boeken zijn originelen en bieden een veel diepere en complexere verhaallijn en karakterontwikkeling dan de films en series. Hoewel de films en series geïnspireerd zijn op de boeken, zijn er veel elementen die zijn aangepast of compleet veranderd. Dit heeft voor sommige fans gezorgd voor gemengde gevoelens, aangezien de boeken een lichtere maar ook duistere, spannende ervaring bieden die moeilijk te vertalen is naar het scherm.
Belangrijke thema's in de Kronieken van de Onderwereld zijn identiteit, liefde, vriendschap en de strijd tussen goed en kwaad. De personages moeten voortdurend keuzes maken die hen definiëren en hen dwingen om na te denken over wie ze werkelijk zijn en wat ze bereid zijn om voor anderen op te geven. Deze thema's resoneren bij veel lezers en maken het verhaal herkenbaar en relevant.