Het doel van het spelen van Magic Commander is om als laatste speler over te blijven. In deze multiplayer setting wil je natuurlijk je tegenstanders uitschakelen, terwijl je je eigen leven punten in de gaten houdt. Het unieke aan commandor is dat je jouw eigen stijl en strategie kunt toepassen via de keuze van de commander en de kaarten in je deck, wat zorgt voor veel variatie en plezier in elk spel.
Bij het kiezen van een commander is het belangrijk om na te denken over de speelstijl die je wilt hanteren. Wil je een agressieve speelstijl, of misschien liever een defensieve aanpak? Kijk naar de kleuren van de commander, omdat deze bepalen welke kaarten je kunt gebruiken. Daarnaast moet je ook rekening houden met de speciale vaardigheden van de commander; sommige commanders hebben krachtigere effecten, die goed kunnen passen bij je speelstrategie.
Belangrijke strategieën om een commander spel te winnen zijn onder andere het bouwen van een gebalanceerd deck dat zowel aanval als verdediging ondersteunt. Probeer combinaties van kaarten te vinden die goed samenwerken; bijvoorbeeld, kaarten die elkaar versterken of synergetisch zijn. Wees ook aandachtig met je levenspunten en die van je tegenstanders - soms is het beter om je schade te splitsen in plaats van je op één tegenstander te focussen, vooral in de vroege rondes.
In de meeste gevallen heb je slechts één commander in je deck, maar er zijn speciale situaties waarin je met twee partner commanders kunt spelen. Dit betekent dat je de keuze hebt uit twee verschillende commanders om te leiden, wat je deck meer flexibiliteit kan geven. Deze kunnen samenwerken, maar zorg ervoor dat hun kleuridentiteiten compatibel zijn met de andere kaarten in je deck.
In Commander beginnen spelers met veertig levenspunten in plaats van twintig, zoals bij andere formaten. Dit betekent dat je meer ruimte hebt om strategisch te spelen, maar het maakt spelen ook spannender. Een speler verliest onmiddellijk als hij of zij 21 of meer schade van dezelfde commander heeft ontvangen; dit zorgt ervoor dat je goed moet nadenken over je verdediging en hoe je jouw levenspunten beheert in het spel.